Як марди узбектаборе, ки шаҳрвандии ИМА-ро дорад, баъди бозгашт ба ватан боздошт шуд ва дар узвияти як созмони мамнӯи экстремистиву ширкат дар ҷангҳои Афғонистон муттаҳам шуд. Дар ҳоле, ки мақомот аз шарҳи ин қазия худдорӣ мекунанд, дар изҳороти Хадамоти бехатарии давлатии Узбекистон рӯзи 18 июн гуфта мешавад, ки Алиев бар асоси иттиҳомоти марбут ба фаъолиятҳои террористӣ боздошт шудааст. Дар изҳорот иддао мешавад, ки Алиев солҳои 2000-ум ба узвияти Ҳаракати исломии Узбекистон шомил шуда, дар ҳамлаҳо алайҳои нирӯҳои мусаллаҳонаи Афғонистон ва ҳам эътилофи НАТО иштирок кардааст. Ҳаракати исломии Узбекистон як созмони террористӣ арзёбӣ шуда, дар Узбекистон, Тоҷикистон, ИМА, Бритониё, Австралия, Канада ва Русия мамнӯъ эълон шудааст.
Як гурӯҳи ҳуқуқи башар рӯзи 17 июн гуфт, ки полис Зокир Алиевро рӯзи 16 июн баъди як соати бозгашташ ба шаҳри Қаршии вилояти Қашқадарё боздошт кард. Алиеви 46-сола солиёни зиёд аз дидор бо наздиконаш маҳрум буд ва баъди он қарор кард ба Узбекистон баргардад, ки даъвати президенти Шавкат Мирзиёевро шунид. Дар даъвати худ президенти амалкунанда аз онҳое, ки баъди пошхӯрии шӯравӣ дар соли 1991 кишварро тарк карданд, хост, ки барои ободонии кишвари худ ва ҳам дидорбинӣ бо наздикон баргарданд. Алиев, ки 25 сол пеш тарки Узбекистон карда буд, дар Амрико дар як ширкати таксӣ кор мекард.
Алиев бар асоси даъватномаи расмии хешовандонаш аз Узбекистон визаи 90-рӯза гирифта вориди ин кишвар шуд.
