Иллати аз истеҳсол бозмондани корхонаро масъулин эҷоди ду мушкил аз ҷониби Узбакистон мехонанд.
1) Як корхонае дар шаҳри Бекободи Узбакистон, ки мувофиқи қарордод бояд ба «Зарафшон» ашёи хом мефиристод, бо сабаби номаълум шартномаро иҷро накардааст.
2) Маводи тронзитии корхона дар марзи Тоҷикистону Узбакистон бозмонда ва аз ҷониби гумруки ҳамсоя иҷозаи вуруд ба Тоҷикистон дода нашудааст. Мақомоти гумруки Тоҷикистон сабаби ин тасмими ҳамтоёни узбаки худро «номаълум» гуфтаанд.
Масъулини корхона мегӯянд, айни ҳол аниқ нест, ки кай фаъолияти корхона боз ба роҳ монда мешавад.
Дар ҳоли ҳозир, 75 %-и саҳмияҳои «Зарафшон» ба як ширкати чиноӣ тааллуқ дорад.