Собиқ дабири шӯрои амнияти кишвар ҳанӯз 10-уми октябр тасмими худро дар мавриди истеъфояш эълон карда буд. И. Исоқов баъди инқилоби 24-уми марти соли 2005 вазири дифоъи Қирғизистон таъйин шуд ва аз моҳи майи соли равон президент Боқиев мақоми дабири шӯрои амниятро ба вай супурд.
Генерал Исмоил Исоқов сабабҳои истеъфои худ аз мақоми дабири шумрои амнияти кишварашро ба радиои «Озодӣ» чунин тавзеҳ дода, гуфт, ки ӯ 5 сол муқаддам аз инқилоби мардумии кишвараш алайҳи низоми худкомаи ҳукумати пешин муборизаро шурӯъ карда буд ва тасмими вай дар мавриди истеъфояш ба бесалоҳиятии ҳукумат бастагӣ дорад, ки наметавонад, аз иҷрои ваъдаҳои ба мардум додааш барояд.
Дар ҳамин ҳол, И. Исоқов раҳбари ҳизби «Жани Қирғизистон» («Қирғизистони ҷадид») мебошад. Марат Қайипов низ узви ин ҳизб аст, ки моҳи сентябри соли равон бо амри президент Боқиев аз мақоми вазири адлияи Қирғизистон барканор шуда буд.
Фаъъолони «Жани Қирғизистон» мегӯянд, ки аз роҳи қонун аз ҳукумат иҷрои ваъдаҳояшро талаб хоҳанд кард, аммо, агар ҳукумат ин талаби онҳоро иҷро намунад, тавассути созмон додани намоишҳои эътирозӣ истеъфои онро ба миён хоҳанд гузошт. Ҳукумат беҳбуди вазъи иқтисодиву иҷтимоъии мардумро ваъда кардааст, иддаъо мекунанд фаъъолони ҳизб, вале низоми Боқиев дар ҳамин ҳол сиёсатеро пиёда мекунад, ки аз манфиъатҳои мардум ҳимоят нахоҳад кард.
Роҷеъ ба истеъфои Исмоил Исоқов аксарияти коршиносон ва намояндагони доираҳои сиёсии Қирғизистон муҳри хомӯшӣ бар лаб задаанд. Вале Марат Қайипов, ноиби раиси ҳизби «Жани Қирғизистон», мегӯяд, ки истеъфои Исоқов аз мақоми дабири шӯрои амният президент Боқиевро водор хоҳад кард, ки бо онҳо вориди гуфтугӯ шавад.